一般无菌室是一个4-5平米，2.5米高的独立小房间(与外界隔离)，专用于微生物实验室，可以用板材和玻璃搭建。无菌室外面要设置缓冲室，门要开错方向，防止气流带入杂菌。无菌室和缓冲室都有密封，室内配备的通风设备都要有空气过滤装置。在获得无菌环境和无菌材料后，我们只有保持无菌状态，才能研究一种特定的已知微生物。
在获得无菌环境和无菌材料后，需要保持无菌状态，以便研究某种特定的已知微生物或利用其功能，否则很容易混入各种外界微生物。外来微生物混入的现象在微生物学上称为杂菌。污染预防是微生物学中的一项关键技术。无菌室一方面是消灭菌，一方面是防止污染，这是无菌技术的两个方面。此外，还要防止被研究的微生物，特别是自然界不存在的病原微生物或基因工程微生物从实验容器中逃逸到外界环境中。为了这些目的，微生物学中有许多措施。
无菌室内地面和墙壁都要光滑，不易藏污纳垢，便于清洁。工作台的台面应该是水平的。无菌室和缓冲室配有紫外灯，无菌室的紫外灯距离工作台1m。进入无菌室时，工作人员应穿着消毒过的衣服和帽子。
目前绝大多数无菌室存在于微生物工厂，而一般实验室使用的是超净台。超净平台的主要作用是利用空气层流装置清除工作平台上部包括微生物在内的各种微小灰尘。通过电动装置，空气经过过滤器后进入工作台，使工作台始终保持在流动无菌空气的控制下。而且靠近外部有高速气帘，防止带菌空气进入外部。
在条件艰苦的地方，也可以用木质无菌盒代替超净台。该无菌盒结构简单，易于移动。盒子前面有两个孔，不操作时用推拉门堵住，操作时可以把胳膊伸进去。上部装有玻璃，方便内部操作。盒子内部装有紫外线灯。从侧门，你可以放入器具和菌株。